A kellemes Adriai-tenger-parti tekerést követően többen is feladták a versenyt, a gyors lábú emberek „lemondtak” a kemény hegyi szakaszokról, így Cavendish, Petacchi, Hondo, Renshaw, Belletti és Ventoso sem vágott neki a 13. etapnak, amely 167 km után Ausztria legmagasabb hegyén, a Grossglockneren ért véget. A csúcsra nem kellett feltekernie a mezőnynek, ám a 2137 méteres befutó így is keménynek bizonyult, főleg, hogy az esős időjárás sem fogadta kegyeibe a versenyzőket.

Contadornak remek alkalom volt ez előnye növelésére, ami sikerült is neki. Mintegy 8.5 kilométerrel a vége előtt robbantott, és csak a venezuelai Rujano tudta tartani vele a lépést. Jutalma szakaszgyőzelem lett, Contador ugyanis tökéletesen megelégedett azzal, hogy riválisaira több mint másfél percet vert, az összetettben második helyen álló Nibali is már 3 percen kívül van hozzá viszonyítva. A spanyol kiválóság a pontversenyben és a hegyi trikóért folyó versengésben is az élre állt, a legjobb fiatal továbbra is a cseh Roman Kreuziger.